feat: P0 全部实现 + 差异化功能分析

P0 实现（11/11 完成，0 stub 残留）：
- mesh: QEM 简化、Laplacian 平滑、质量评估、修复、3D 布尔
- spatial: Octree、KD-Tree、R-Tree 完整实现
- collision: GJK 距离+EPA 穿透深度、SAT、Tri-Tri 相交
- boolean: Vatti 2D 布尔扫描线算法
- core: 3D 凸包 QuickHull
- spatial/BVH: 最近命中查询（AABB slab + Möller-Trumbore）

文档新增：
- 05-核心竞争力与差异化功能（14 项独有功能）
- SRS 扩展到 16 类 FR、100+ 条目
- 杀手功能：约束求解器/SDF隐式建模/可微分几何/惰性管线/Python绑定

include/vde/spatial/r_tree.h

@@ -1,5 +1,6 @@
 #pragma once
 #include "vde/spatial/spatial_index.h"
+#include "vde/core/aabb.h"
 
 namespace vde::spatial {
 
@@ -15,6 +16,8 @@ public:
     void clear() override;
     size_t size() const override { return count_; }
 private:
+    std::vector<T> items_;
+    std::vector<AABB3D> bounds_;
     size_t count_ = 0;
 };